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我的小目标——画不一样的散点图 | 分析技能

作者:联川生物技术公司 2016-09-11T17:40 (访问量:10166)

相信很多小伙伴们都和小编一样,看到厚厚的R语言教程直接懵逼了,内心的OS一定是这样的:我又不是程序猿,我也不想学辣么复杂的R语言,我只想画个散点图而已。但是小编觉得Excel做出来的图真的好丑,怎么办?(当然你也可以来联川生物报名第四期生信营,会有大神级的Excel高级作图秘籍传授哦!)

 

在作图前,大家要明白散点图是什么,我们为什么要做散点图。散点图是用来评价测序的两个样本或者两组数据之间的差异性和一致性(敲黑板,划重点)。

Origin作为一款强大的作图软件和统计软件,目前在学术界和工业界广为推崇。很多撰写硕士论文、博士论文乃至SCI论文的科研工作者,都喜欢使用Origin作图。由于界面友好、操作简便,许多不会使用R语言编程的小伙伴都会首推Origin作图。那么这款软件为何那么受大家喜欢呢?

首先Origin是Origin Lab公司出品的较流行的专业函数绘图软件,是公认的简单易学、操作灵活、功能强大的软件,既可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据分析、函数拟合的需要。自1991年问世以来,Origin以其操作简便,功能开放,很快成为国际流行的分析软件之一,获得了广泛的认可与应用。

小编觉得Origin受欢迎的理由无非是以下几点:

1、不会编程也能立即使用,上手极其简单。相比之下R语言或Matlab多少需要一些编程技巧,入门不太友好。

2、输出图片为矢量图形,可以无限放大,尤其适合SCI论文的原始配图。

3、存在多种作图模板,非常适合新手。绘图之前选择合适的模板即可。

4、可以和各种数据库软件、办公软件、图像处理软件兼容。

…………

关于图像处理软件兼容问题,小编今后会出个高级教程教大家使用,也欢迎大家报名联川生物的生信营,小编会亲自教大家一些你们所不知道的Origin冷门技巧。所以大家想要使用Origin做出美美的统计图,需要给自己定一个小小的目标:

可是现实是残酷的,往往开始大家的做图效果都不甚理想,理想中的散点图是这样的:

或者是这样的:

但是实际上自己的散点图却是这样的:

 

别急,小编接下来带你一步步做出自己想要的散点图。

第一步:安装Origin软件,小编使用的是Origin8.5。安装完了之后会出现Origin的登录界面。如下图所示:

 

第二步:载入操作界面,如下图所示。

 

a为文件的路径所在地址;
b为软件的菜单栏;
c和d都是Origin一些主要功能的快捷键如插入文字表格图形模板等等。

第三步:添加列数。

点击菜单栏的Column之后再按Add New Columns,

 

这时候软件会跳出一个对话框要求你填入增加的列数。一般数据列数较多的话建议数字可以填写的大一些,一般小编喜欢直接添加10列,是不是感觉简单粗暴呢?

 

之后软件内的列数增加到了12列。

第四步保存文件。

 

 

Save Project可以填写自己想要的文件名,这里小编写成了Scatter_demo。

注:这里保存的不是图片文件,而是Origin特有的以opj作为文件名后缀的工程文件,里面包含数据、图片、统计信息等。

第五步:输入数据。

 

这里,小编把用于测试的demo数据从Excel直接导入进了两列中。当然大家既可以输入txt格式,也可以从Excel中把需要的数据拷贝进Origin。通过上图我们可以看到这里一共有两列数据,分别是Control1 FPKM和Control2 FPKM。从字面上就可以看出这是两个样本内所有基因各自的FPKM值。有些同学又要问了,为何我那里显示的只是B(X)和C(Y)?没关系,双击B(X)后会跳出对话框,你可以在里面修改该列的名字。如下图所示:

 

 

第六步:生成未修改的散点图

和Excel中操作的一样,先选中Control1和Control2两列,然后点击菜单栏Plot->Symbol->Scatter。

 

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