上期给大家详细解读了一篇微生物研究中的高分文章，是不是特别有用呢？今天就又来几篇高分文章，供大家拓展研究思路，需要原文可以留言给小编哦~
1杨树根际与各部位组织微生物组成的多样性
Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees（2017）
期刊：Microbiome
IF：9.000
测序技术：16S rDNA测序
研究结果：
本研究对15棵体外繁殖的克隆杨树根际土壤和根系组织样本，11棵树的茎、叶样本进行16S测序分析。结果表明4组不同样品既有共有OTUs，也有特有OTUs，但根际土壤中特有的OTUs比例更高，表明其微生物具有更高的多样性。OTU丰度高低依次为根际土壤，根系样本和茎样本，叶片样品的OTU丰度指数与茎样品相当。从门水平比较各样本物种组成发现，变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和厚壁菌门均是各组样品中的优势菌群，但在各组中所占比例各有不同，且存在相对丰度的组间差异。物种指标分析显示根际土壤中有94个指标OTU，根内皮中有18个，茎内部有5个，而在叶片内皮样本中有9个。
2样品处理及保存方式对微生物多样性的影响
Latitude in sample handling and storage for infant faecal microbiota studies: the elephant in the room?（2016）
期刊： Microbiome
IF：9.000
测序技术：16S rDNA（V3~V5区）测序
研究结果：
本研究对103个出生2-11周的8个早产婴儿以及出生13-19个月的6个幼儿粪便样品进行16S测序分析，比较了不同提取条件、不同提取重量、不同冻存时间等条件下的微生物多样性差异。结果表明-80℃保存样品2年内对微生物群落结构的影响较小，只对其中部分微生物如Lactobacillus和bacilli等影响显著。样品室温下放置2天就会对微生物群落产生显著影响，所以应在两天内处理或者放在-80℃保存。运输时要充分考虑到运输时间。DNA提取人员与提取试剂批号对微生物群落结构的影响不显著。对于微生物多样性较低的样品，减少样品提取用量对alpha多样性和一些beta多样性的影响不显著，但是低样品质量会影响weight beta多样性，同时对OTUs丰度影响显著。
3肠道微生物研究发现黑色素瘤治疗会引起病人患结肠炎
Intestinal microbiome analyses identify melanoma patients at risk for checkpoint-blockade-induced colitis（2016）
期刊：NATURE COMMUNICATIONS
IF：11.329
测序技术：16S rDNA测序，宏基因组测序
研究结果：
本研究对患有转移性黑色素瘤的34名成年人在结肠炎发病后的粪便样本进行了16S测序分析。结果发现结肠炎患者（PtC）和非结膜炎患者（C-F）微生物组成不同，虽然两组共有的OTU大部分来自Firmicutes（厚壁菌门），但C-F患者Bacteroidaceae（拟杆菌科）占有较高的比例。为了评估可能在免疫介导性结肠炎发展中发挥作用的遗传途径，对10例PtC和12例C-F患者粪便样品进行宏基因组测序，结果发现患者肠道微生物菌落功能在C-F和PtC患者之间大致相似。通过递归分区算法，基于102个功能模块形成分类树，仅使用多胺转运系统相对丰度，成功将PtC或C-F患者样本进行了分类。这些分析模型可作为发生CTLA-4阻断性结肠炎的高风险患者的生物标志物。
416S和宏基因组揭示女性生殖道微生物群落多样性
Cervicovaginal Bacteria Are a Major Modulator of Host Inflammatory Responses in the Female Genital Tract（2015）
期刊：Immunity
IF：24.082
测序技术：16S rDNA V4区测序、宏基因组测序
研究结果：
本研究对94位18-23岁的南非女性的完整阴道拭样、灌洗样和细胞表型数据进行了分析。16S测序结果表明Lactobacillus为优势菌种。微生物群落结构与STI、激素避孕药使用及性行为无关；通过对阴道灌洗液中17种细胞因子的检测发现，生殖道免疫活性与STI（FGT女性生殖系统疾病）无关。细菌多样性与促炎因子呈正相关，时间梯度上阴道菌群与促炎因子存在显著相关性。对引起促炎因子分泌的微生物进行研究发现：Fusobacterium、Aerococcus、Sneathia、Gemella、Mobiluncus和Prevotella与促炎因子的分泌具有显著相关性。体内检测实验表明，阴道菌群多样性高的妇女阴道菌群产物会激活抗原呈递细胞。妇女阴道促炎因子的升高会增加HIV目标细胞的水平，增加了患HIV的风险。
5通过口腔微生物群的时空变化预测幼儿龋齿的发生
Prediction of early childhood caries via spatial-temporal variations of oral microbiota（2015）
期刊：Cell host & microbe
IF：12.552
测序技术：16S rDNA（V1-V3区）测序
研究结果：
本研究对50名学龄前儿童（平均4岁）为研究对象，2年分四个不同时期共采集284份样品（分别来自唾液和牙菌斑两个生态位）进行16S测序分析。作为后续验证，另外40个儿童（46~50个月，其中包含20个健康的儿童，20个患有严重的龋齿）用于分析唾液微生物。通过对17名健康儿童的牙菌斑和唾液样本的物种相对丰度进行随机森林回归，确定了牙菌斑和唾液中age-discriminatory的细菌分类群。研究还发现幼儿龋齿发病开始和发病过程中微生物区系的变化具有明显的不同。通过构建一个预测模型（MiC）、龋齿的微生物指标，能够对健康儿童龋齿的发生的做出诊断和预测。
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