提取+建库!FFPE样本文库制备一站式解决方案! 肿瘤样本是检测基因突变的载体,世界肿瘤发病率居高不下,而医院的低温储存设备捉襟见肘,福尔马林浸泡,石蜡包埋的样本(FFPE)能在常温长时间储存,更受广大临床医生欢迎。据统计,世界各地医院积攒了约4亿FFPE样本,但是福尔马林的固定、石蜡高温浸入、较长保存时间都会导致DNA的交联和不同程度降解,如何从这些海量样本中提取高质量DNA,然后建库测序并分析成为了棘手问题。翌圣生物深耕生命科学领域多年,基于自身深厚的工具酶技术和经验积累,为FFPE DNA的NGS检测提供完整解决方案。 图1. FFPE DNA实验、分析 FFPE DNA提取 FFPE DNA提取需经历脱蜡、酶消化、DNA提取共3个步骤。经过潜心优化和精心打磨,翌圣重磅推出FFPE DNA提取试剂盒——MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit(鄂汉械备20210919号)。在FFPE脱蜡步骤中,目前市场上常用的脱蜡方式是二甲苯,其强烈刺激性气味,强烈刺激人体食道和胃,并引起呕吐,本试剂盒采用无毒脱蜡液取代二甲苯脱蜡功效,为实验人员健康保驾护航;在酶消化步骤中,翌圣采用精心优化提取体系,确保蛋白酶K能充分消化蛋白和相应核酸酶,保证DNA最大程度释放和不被核酸酶消化,这一点直接体现在最终DNA产量上面。结果显示,翌圣提取总量最高。 图2. 各试剂盒提取FFPE DNA结果 FFPE DNA文库构建 1 酶切法建库 图3. 文库产出(50ng FFPE DNA) 图4.文库测序下机结果 2 建库接头
图5. UDI识别index hopping的原理 3 DNA磁珠 磁珠纯化是建库关键环节之一,Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,通过精心优化过的缓冲体系,可用于DNA文库片段分选、纯化,和目前广泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同,片段回收效率和文库大小分布均高度吻合,因此可无缝替代AMPure XP Beads,有效降低建库成本。 表1.不同品牌磁珠在不同比例下回收效率比较 磁珠比例 Input DNA (ng) Yeasen Be* Va* Vd* Tr* 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 1.8× 535 534.4 99.89% 524.8 98.09% 518.4 96.90% 566.4 105.87%* 534.4 99.89% 1.2× 518.4 96.90% 537.6 100.49%* 521.6 97.50% 528 98.69% 505.6 94.50% 0.8× 499.2 93.31% 406.4 75.96% 416 77.76% 464 86.73% 425.6 79.55% 0.6× 326.4 61.01% 地 址: 上海市浦东新区天雄路166弄一号楼三层南单元 联系人: 李自转 电 话: 400-6111-883、021-34615995-8075 传 真: 021-34615995-188 Email:lizizhuan@yeasen.com
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提取+建库!FFPE样本文库制备一站式解决方案!
作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2021-11-24T08:51 (访问量:6673)
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